La pianta della chiesa è a croce latina, a navata unica con cappelle laterali, incrocio al transetto e presbiterio con chiusura absidale. L’aula è coperta da una volta a botte lunettata, la parte centrale del transetto da una finta volta a crociera disegnata da finti costoloni, il presbiterio e le cappelle laterali a botte, il catino absidale a semi cupola.

La prima cappella a sinistra dopo l’ingresso era originariamente destinata a fonte battesimale, come testimoniato dalla pittura raffigurante San Giovanni Battista che battezza Gesù, firmato dal pittore Paolo Bellegotti di Arluno nel 1930. Di un certo pregio sono i due stendardi conservati presso la prima cappella, uno raffigurante l’Immacolata e l’altro il Cristo mentre consegna le chiavi a Pietro. Sono stendardi finemente decorati con fili d’oro risalenti alla fine del 1800.

La seconda cappella di sinistra è quella del Sacro Cuore di Gesù con al centro della parete frontale un dipinto ad olio del pittore legnanese Turri senior. Le opere murarie sono dello stesso figlio del Turri e del pittore Giovanni Garavaglia, mentre le decorazioni sono di Giuseppe Re, decoratore locale.

La terza è la cappella del Crocifisso dopo la quale è posizionato il pulpito realizzato in legno di tiglio con decori in oro e colore seppia, eseguite da Giuseppe Magnaghi. Il manufatto è abbellito sulle tre fodrine, da sacre raffigurazioni legate ad episodi biblici opera del pittore Gaetano Barabini.

La prima cappella di destra ospita una pregiata pala d’altare con la scena della decollazione di Giovanni Battista, opera dei fratelli Lampugnani e datata 1623. La seconda cappella, dedicata a San Carlo, ospita l’attuale battistero e la statua lignea del santo. Di un certo rilievo sono, poi, le tele ad olio che rappresentano l’agonia di San Giuseppe e la Sacra Famiglia, eseguite da Stefano Maria Legnani detto il Legnanino.
L’ultima è la cappella del Santo Rosario con decori del Bellegotti e dipinti di Luigi Morgari.

La navata è caratterizzata da lesene con capitello ionico, sormontate da un trabeazione con cornicione superiore in aggetto modanato. In corrispondenza delle lesene proseguono fasce in lieve aggetto a suddivisione delle tre campate della volta superiore. Tutta la navata è finemente decorata ed affrescata sulla trama del Vecchio e Nuovo Testamento.

Le pareti laterali del presbiterio ospitano gli affreschi di Luigi Mogari. A sinistra la raffigurazione della Madonna che viene comunicata per mano di San Giovanni Apostolo, di fronte la raffigurazione del miracolo di Torino, un episodio in cui un alone luminoso fece cadere un mulo che portava la refurtiva sottratta ad una chiesa tra cui vi era una pisside con l’ostia consacrata.

L’altare maggiore è costituito su parte basamentale, fiancheggiata allo stesso livello da due piedistalli e dall’elevato ciborio racchiuso frontalmente da due pilastri compositi, sormontati da architrave e timpano, con semicalotta sorretta da quattro colonnine, ed adornato dal Crocifisso ligneo proveniente dal Monastero degli Olivetani di Nerviano.

Nella zona absidale è posizionato il coro ligneo in noce realizzato dal falegname Giuseppe Casero di Canegrate sopra il quale, sulla parete, troviamo dipinte in monocromato con finte statue, in altrettante simulate nicchie, le quattro virtù cardinali eseguite dal pittore Garavaglia. In alto, nel semicatino absidale si trova l’unica raffigurazione dedicata al protomartire Santo Stefano, sempre del Garavaglia sostituito, per richiamo alle armi, dal pittore Giuseppe Valerio Egger.
In corrispondenza della controfacciata è collocato l’antico organo di Antonio De Simoni-Carrera.

La facciata della chiesa si compone dall’ordine inferiore e da quello superiore. La parte inferiore è scandita da quattro lesene marmoree con capitelli pensili sopra i quali è posta la fascia marcapiano. Al di sotto della mensola dentellata, la dedicazione della chiesa. Ai lati del portale centrale sono posizionati i due accessi secondari.